Criado em 1995 com o objetivo principal de aprimoramento científico e tecnológico dos profissionais de engenharia, envolvidos com problemas ambientais e de gestão de recursos hídricos.

A obtenção do título de mestre exige um mínimo de 40 créditos, sendo 13 créditos correspondentes a disciplinas obrigatórias, 2 ao Seminário de Dissertação, 10 créditos à Dissertação aprovada por uma comissão examinadora, e pelo menos 15 créditos correspondentes a disciplinas optativas. Os bolsistas deverão cumprir 2 créditos adicionais em Estágio de Docência. Cada aluno de mestrado terá que apresentar um Seminário de Dissertação e elaborar pesquisa com apresentação de uma Dissertação de Mestrado.

Iniciado em 2002, foi concebido para formar profissionais de alto nível, capazes de absorver e desenvolver novas tecnologias, utilizar novos instrumentos para a elaboração de projetos e para a execução e manutenção de sistemas de engenharia, empregando modelos matemáticos, técnicas computacionais e técnicas experimentais, bem como conduzir a formação de recursos humanos para o ensino e a pesquisa.
A obtenção do título de doutor exige um mínimo de 80 créditos, sendo 21 créditos correspondentes a disciplinas obrigatórias, 2 aos Seminários de Doutorado, 40 créditos à Tese de Doutorado aprovada por uma comissão examinadora, e pelo menos 17 créditos correspondentes a disciplinas optativas. Cada aluno de doutorado deverá apresentar dois Seminários de Doutorado, ser aprovado no Exame de Qualificação ao Doutorado, e elaborar pesquisa com apresentação de uma Tese de Doutorado.Os bolsistas deverão cumprir 4 créditos adicionais em Estágio de Docência.